Le joueur incarne Donkey Kong Junior, le fils du Donkey Kong, capturé par Mario. Par rapport à son prédécesseur, cette suite apporte un nouvel élément de plates-formes : les lianes. Il faut également faire attention aux crocodiles se déplaçant sur celles-ci. Dans les niveaux où Donkey Kong se trouve enfermé en cage, il faudra chercher des clefs au sommet des chaînes.